医疗器械经营许可证办理流程如下：

准备申请材料：根据当地药监部门要求，准备齐全材料，包括医疗器械经营许可证申请表、营业执照复印件、法定代表人及质量负责人身份证明和学历或职称证明、组织机构与部门设置说明、经营范围与经营方式说明、经营场所和库房的地理位置图、平面图及产权证明或租赁协议、经营设施和设备目录、经营质量管理制度和工作程序文件目录等。若经营植入（介入）类等特殊医疗器械，还需提供额外材料，如专业卫生技术人员资质证明。

提交申请：将准备好的申请材料提交至所在地设区的市级人民政府食品药品监督管理部门，可通过线上政务服务平台或线下窗口提交。

资料审查与核查：药监部门收到申请后，对资料进行形式审查，核对是否齐全、规范。必要时会组织现场核查，检查经营场所、库房面积、设施设备是否符合要求，质量管理制度是否有效执行，人员是否在职在岗等。

审批与发证：对符合规定条件的企业，药监部门将准予许可，并在相关网站公示企业信息，公示无异议后发放医疗器械经营许可证；对不符合条件的企业，将不予许可并书面说明理由。整个流程耗时约2 - 3个月，具体时间因地区和审核情况而异。